本周共選取了13篇文章，文章質量很高，很值得讀一讀。第1篇文章介紹了一種腫瘤細胞外囊泡的工程改造方法，顺利获得遮蔽對應細胞外囊泡上的免疫抑制分子，可以增強腫瘤細胞外囊泡作為腫瘤疫苗的效果；第2篇文章主要探討了如何分析體液來源細胞外囊泡測序數據中中不同細胞來源囊泡的比例，作者們探討了不同的反卷積分析則略的優劣；第3篇文章提出了一種單個囊泡中蛋白和RNA的同時分析策略；第7篇文章利用眼部疾病患者來源的囊泡進行了眼部疾病標誌物的篩選；第9篇文章綜述了腸道菌群和免疫系統界面接觸區域的細菌來源細胞外囊泡研究進展；第10篇文章匯總研究了现在細胞外囊泡相關臨床實驗的召开情況，探討了存在的問題及未來應該重點开展的方向。
1.Non-discriminating engineered masking of immuno-evasive ligands on tumour-derived extracellular vesicles enhances tumour vaccination outcomes. 對腫瘤衍生的細胞外囊泡上的免疫逃逸配體進行非歧視性工程掩蓋可增強腫瘤疫苗接種的效果。[Nat Nanotechnol] PMID: 39327512摘要：個性化癌症免疫療法的成功取決於最初向樹突狀細胞和巨噬細胞呈遞的腫瘤抗原。腫瘤衍生的細胞外囊泡 (TEV) 含有豐富的腫瘤抗原分子。然而，TEV 表面上存在抗吞噬信號，例如分化簇 47 (CD47)，會導致相同的樹突狀細胞和巨噬細胞逃避。在這裏，韦德国际展示了氧化鐵氫氧化物納米複合材料可以成功掩蓋 TEV 表面並解除吞噬作用，而不會影響細胞外囊泡引發的免疫目標。內化後，掩蔽物在溶酶體中分解，釋放出腫瘤抗原貨物。這會觸發抗原呈遞並促進動物模型中的樹突狀細胞活化和成熟以及巨噬細胞重編程，從而導致腫瘤體積和轉移急劇減少，以及在人類惡性胸腔積液臨床樣本中也是如此。這種簡單的掩蔽策略消除了臨床樣本中普遍存在的抗吞噬阻斷，並且可以普遍應用於所有患者特定的 TEV，作為增強免疫治療的腫瘤抗原劑。
2.Benchmarking transcriptome deconvolution methods for estimating tissue- and cell-type-specific extracellular vesicle abundances. 對轉錄組反卷積方法進行基準測試，以估計組織和細胞類型特定的細胞外囊泡豐度。[J Extracell Vesicles] PMID: 39320021摘要：細胞外囊泡 (EV) 含有細胞來源的脂質、蛋白質和 RNA；然而，確定體液中組織和細胞類型特異性 EV 豐度仍然是韦德国际理解 EV 生物學的一個重大障礙。雖然可以使用反卷積方法將 EV 的轉錄組與組織/細胞類型的表達特徵進行匹配來估計組織和細胞類型特異性 EV 豐度，但现在缺乏對反卷積方法在 EV 轉錄組數據上的性能的比較評估。韦德国际使用來自四種細胞系及其 EV、計算機模擬混合物、118 個人類血漿和 88 個尿液 EV的數據對 11 種反卷積方法進行了基準測試。韦德国际確定了可以高精度估計純和計算機模擬混合細胞系衍生 EV 樣本的細胞類型特異性豐度的反卷積方法。使用來自兩個採用不同 EV 分離程序的尿液 EV 隊列的數據，四種反卷積方法產生了高度相似的結果。這三種方法在組織和細胞類型特異性血漿 EV 豐度估計方面也一致。韦德国际確定了影響反卷積準確性的驅動因素，並強調了在創建組織/細胞類型特徵時運用生物學知識的重要性。總體而言，韦德国际的分析表明，反卷積算法 DWLS 和 CIBERSORTx 對生物體液中組織和細胞類型特異性 EV 豐度的估計值高度相似且準確。
3.Simultaneous Protein and RNA Analysis in Single Extracellular Vesicles, Including Viruses. 單個細胞外囊泡（包括病毒）中的蛋白質和 RNA 同步分析。[ACS Nano] PMID: 39306763摘要：在分析過程中，單獨檢測人類免疫缺陷病毒(HIV) 病毒體並將其從細胞外囊泡 (EV) 中分離出來是一項艱巨的挑戰。感染 HIV 的宿主細胞會同時釋放傳染性包膜病毒體和非病毒 EV，此外還會釋放含有 HIV 和宿主成分但缺乏複製能力的混合病毒 EV。使問題更加複雜的是，EV 和包膜病毒體均由脂質雙層分隔，並且具有相似的大小和密度。將傳染性病毒體與宿主和混合EV 區分開來的特徵是 HIV 基因組 RNA (gRNA)。單粒子分析技術可以给予單個生物納米粒子的快照，可以將傳染性病毒體與 EV 區分開來。然而，现在的單粒子分析技術主要側重於蛋白質檢測，無法將混合 EV 與傳染性病毒體區分開來。同時檢測同一粒子中的病毒蛋白和內部 gRNA 的方法將能夠分辨出來自 EV 和非感染性病毒粒子的感染性 HIV。在這裏，韦德国际介紹了 SPIRFISH，這是一種用於單粒子蛋白質和 RNA 分析的高通量方法，結合了單粒子干涉反射成像傳感器和單分子熒光原位雜交。使用SPIRFISH，韦德国际可以檢測單個感染性病毒粒子中的 HIV-1 包膜蛋白 gp120 和基因組 RNA，從而能夠分辨出 EV 背景和非感染性病毒粒子。韦德国际進一步表明，SPIRFISH 可用於檢測 EV 中的特定 RNA。這可能對 EV療法具有重大用途，因為 EV 療法越來越關注 EV 介導的 RNA 傳遞。SPIRFISH 應該能夠對一大類含 RNA 的納米粒子進行單粒子分析。
4.Glypican-3-targeted macrophages delivering drug-loaded exosomes offer efficient cytotherapy in mouse models of solid tumours. 靶向磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3的巨噬細胞來源載藥外泌體可為小鼠實體腫瘤模型给予有效的細胞療法。[Nat Commun] PMID: 39313508摘要：細胞療法是一種將改造後的細胞輸送到患病組織的策略，但針對實體瘤仍然具有挑戰性。在這裏，韦德国际設計了巨噬細胞，其表面含有磷脂酰肌醇聚糖-3 靶向肽，並攜帶對抗實體瘤的貨物。錨定靶向肽促進工程巨噬細胞識別腫瘤細胞，從而增強表達磷脂酰肌醇聚糖-3 的腫瘤細胞的特定靶向和吞噬作用。這些巨噬細胞攜帶 TLR7/TLR8 激動劑 R848 和 INCB024360（一種選擇性吲哚胺 2,3-雙加氧酶 1 (IDO1) 抑制劑）的貨物，包裹在大腸桿菌來源的 C16-神經酰胺融合外膜囊泡 (OMV) (RILO) 中。 OMV 顺利获得 Caveolin 介導的內吞作用促進內化，C16-神經酰胺誘導膜內陷和外泌體生成，導致顺利获得外泌體釋放載有貨物的 RILO。載有 RILO 的巨噬細胞對患有 高水平表達磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3的H22 肝細胞癌的小鼠具有治療效果。總的來說，韦德国际為針對實體腫瘤的細胞治療策略奠定了原理證明，並可以補充常規治療。
5.Fc-empowered exosomes with superior epithelial layer transmission and lung distribution ability for pulmonary vaccination. 具有優越的上皮層傳輸和肺分佈能力的Fc賦能外泌體可用於肺部疫苗接種。[Bioact Mater] PMID: 39308551摘要：粘膜疫苗比腸外疫苗具有潛在優勢，因為它們可以在病原體感染的主要部位觸發全身免疫保護和免疫反應。然而，粘膜屏障的防禦功能仍然是疫苗需要克服的挑戰。在這裏，韦德国际展示了用 IgG 的可結晶片段 (Fc) 部分對外泌體進行表面修飾可以將 SARS-CoV-2 的受體結合結構域 (RBD) 遞送到粘膜上皮層並顺利获得新生 Fc 受體 (FcRn) 介導的轉胞吞作用滲透到外周肺。外泌體 FLR-Exo 由基因工程樹突狀細胞產生，其中融合蛋白 Fc-Lamp2b-RBD 表達並錨定在膜上。氣管內給藥後，FLR-Exo 能夠在動物肺中誘導高水平的 RBD 特異性 IgG 和 IgA 抗體。此外，在全身和粘膜免疫反應中也觀察到了強大的 Th1 免疫偏向 T 細胞反應。FLR-Exo可以在小鼠受到攻擊後保護其免受 SARS-CoV-2 假病毒感染。這些發現為開發新型呼吸道粘膜疫苗方法帶來了巨大希望。
6.GRP75 triggers white adipose tissue browning to promote cancer-associated cachexia. GRP75 觸發白色脂肪組織褐變，促進癌症相關的惡病質。[Signal Transduct Target Ther] PMID: 39327432摘要：惡病質影響 50-80% 的癌症患者，是一種導致 20% 癌症相關死亡的衰弱綜合徵。惡病質的一個主要特徵是脂肪組織萎縮，但它如何導致惡病質的开展尚不清楚。在這裏，韦德国际在癌症惡病質的小鼠模型中證明，白色脂肪組織褐變（可能是特徵性早發表現）發生在體重減輕和骨骼肌萎縮之前。顺利获得分析惡病質誘導腫瘤產生的細胞外囊泡中差異表達的蛋白質，韦德国际發現分子伴侶葡萄糖調節蛋白 75 (GRP75) 是脂肪細胞褐變的關鍵介質。從機制上講，GRP75 與腺嘌呤核苷酸轉位酶 2 (ANT2) 結合形成 GRP75-ANT2 複合物。令人驚訝的是，穩定的 ANT2 增強了其與解偶聯蛋白 1 的相互作用，導致後者表達升高，進而促進脂肪細胞褐變。使用 GRP75 抑制劑 withanone 治療可以逆轉這種褐變並緩解體內惡病質表型。總體而言，韦德国际的研究結果揭示了一種腫瘤衍生的 GRP75 在惡病質开展過程中調節白色脂肪組織褐變的新機制，並提出了一種潛在的以白色脂肪組織為中心的靶向方法，用於早期惡病質干預。
7.Unraveling the nexus of oxidative stress, ocular diseases, and small extracellular vesicles to identify novel glaucoma biomarkers through in-depth proteomics. 顺利获得深入的蛋白質組學揭示氧化應激、眼部疾病和小細胞外囊泡之間的關係，以識別新的青光眼生物標誌物。[Redox Biol] PMID: 39326071摘要：由於生活方式和壽命的改變，白內障和青光眼等慢性眼部病變正成為公共健康的重要問題。這些與年齡相關的眼部疾病主要是由氧化應激介導的。小細胞外囊泡 (sEV) 參與細胞間通訊和運輸。人們對小細胞外囊泡 (sEV) 在眼睛中的功能越來越感興趣。然而，在病理條件下眼部細胞釋放的 sEV 的蛋白質組含量和特徵尚不清楚。在這裏，韦德国际旨在分析暴露於氧化應激的兩種眼部細胞系（晶狀體上皮細胞和視網膜神經節細胞）的 sEV 蛋白質譜和細胞內蛋白質含量，以識別可以作為潛在診斷生物標誌物的改變蛋白質。顺利获得基於定量質譜的蛋白質組學分析蛋白質含量。採用WB和ELISA方法對白內障和青光眼患者的細胞提取物和房水進行了驗證。經過數據分析，在氧化應激誘導後，晶狀體上皮細胞蛋白提取物和sEVs中分別鑑定出176種和7種失調蛋白質，表達比率≥1.5。在視網膜神經節細胞中，氧化應激誘導導致細胞提取物中1033種蛋白質失調，sEVs中9種蛋白質失調。此外，顺利获得WB和ELISA，與ICL個體相比，白內障或青光眼患者的房水中蛋白質失調最為明顯，其中RAD23B表現出較高的青光眼診斷能力。重要的是，這項工作擴展了對白內障和青光眼蛋白質組表徵的認識，並给予了新的潛在診斷性青光眼生物標誌物。
8.DeSUMOylation of RBMX regulates exosomal sorting of cargo to promote renal tubulointerstitial fibrosis in diabetic kidney disease. RBMX 的去SUMO化調節外泌體貨物的分選，促進糖尿病腎病中的腎小管間質纖維化。[J Adv Res] PMID: 39341454摘要：糖尿病腎病（DKD）已成為中國慢性腎衰竭的主要原因，腎小管間質纖維化在 DKD 進展中起着核心作用。反映腎臟變化的尿液外泌體在很大程度上受其 miRNA 含量的 RNA 結合蛋白（RBP）的影響。韦德国际的研究旨在確定 RNA 結合蛋白 RBMX 對 DKD中外泌體 miRNA 的影響。韦德国际使用腺相關病毒將更高水平的Rbmx 引入糖尿病小鼠體內，並顺利获得先進的離心技術和專門的試劑盒從其腎臟組織中分離外泌體。然後韦德国际進行了一系列測試，包括 RT-qPCR、Western blot、MitoSOX、ATP 發光、共免疫沉澱、SUMOylation 測定、RNA 免疫沉澱和共聚焦顯微鏡。韦德国际發現，RBMX 在 DKD 中含量較高，並導致腎臟纖維化、線粒體損傷和外泌體中 miRNA 管理不善的惡化。它與外泌體中的 miR-26a、miR-23c 和 miR-874 特異性結合。這種功能障礙可能與 RBMX SUMO 化的變化有關。這些 miRNA 似乎顺利获得靶向 CERS6 來保護腎臟細胞免受線粒體損傷。綜上所述，RBMX 的去 SUMO 化在確定腎臟細胞外泌體中 miRNA 的組成方面起着至關重要的作用，影響顺利获得與 CERS6 mRNA 相互作用調節線粒體損傷的保護性 miRNA，最終影響 DKD 中的線粒體健康。
9.Bacterial extracellular vesicles at the interface of gut microbiota and immunity. 腸道微生物群和免疫系統界面處的細菌細胞外囊泡。[Gut Microbes] PMID: 39340209摘要：細菌細胞外囊泡 (BEV) 是由細菌釋放的納米級脂質屏蔽結構，在細胞間通訊中發揮重要作用。它們廣泛的分類學起源和不同的貨物組成表明它們持续參與重要的生物機制。具體而言，它們參與直接調節微生物生態系統、與其他生物競爭、導致致病性以及影響宿主的免疫力。本綜述探討了 BEV 對腸道動力學和免疫調節作用的潛在機制。分析 BEV 如何調節微生物群組成和功能失衡至關重要，因為腸道菌群失調不僅與各種胃腸道、代謝和神經系統疾病的發病機制有關，而且還與降低對腸道病原體定植的抵抗力有關，鑒於當前的抗菌素耐藥性危機，這一點尤其令人擔憂。本綜述總結了 BEV 領域的最新進展，以鼓勵對這些神秘成分進行進一步研究。這將有助於更好地理解界內和界間通訊現象，並揭示有希望的治療方法。
10.A critical systematic review of extracellular vesicle clinical trials. 對細胞外囊泡臨床試驗的關鍵系統評價。[J Extracell Vesicles] PMID: 39330928摘要：本系統綜述研究了細胞外囊泡 (EV) 相關臨床試驗的概況，以闡明該領域在臨床應用和 EV 相關方法方面的趨勢，並另外關注對 EV 亞群的分析。顺利获得分析來自公共報告存儲庫的數據，韦德国际迄今為止編目了 471 項 EV 相關臨床試驗，涉及200 多種疾病。診斷和伴隨診斷占 EV 相關臨床試驗的大部分，其中癌症是最常見的應用。EV 相關治療試驗主要使用間充質基質細胞 (MSC) EV，最常用於治療呼吸系統疾病。超速離心和 RNA 測序是最常見的分離和表徵技術；然而，研究記錄中很少報告詳細方法。大多數報告的表徵依賴於 EV 分離株的批量表徵，只有 11% 在實驗設計中使用 EV 亞群。雖然這可能與缺乏適合臨床實施的可用技術有關，但它也凸顯了使用 EV 亞群來改善轉化努力的機會。隨着學術研究確定更多化學上不同的亞群及其富集技術，韦德国际預計在不久的將來會有更精細的 EV 試驗。本綜述強調需要細緻的方法學報告和考慮 EV 亞群，以提高基於 EV 的干預措施的轉化成功率。
11.ENaCγ in Urinary Extracellular Vesicles as an Indicator of MR Signaling in PA. 尿液細胞外囊泡中的 ENaCγ 作為 PA 中 MR 信號的指標。[Hypertension] PMID: 39319458摘要：醛固酮和 MR（鹽皮質激素受體）是高血壓和心血管疾病的重要治療靶點。然而，組織 MR 信號傳導的生物標誌物尚未完全建立。真核細胞釋放的細胞外囊泡可以给予有關組織信號傳導的信息。使用原發性醛固酮增多症 (PA) 患者的樣本，韦德国际探索了尿液細胞外囊泡 (uEV) 作為 MR 信號傳導的非侵入性指標來指導治療的潛力。韦德国际顺利获得液相色譜串聯質譜法分析了 PA uEV 中所含的蛋白質。韦德国际顺利获得參考現有的尿液外泌體數據庫縮小了候選生物標誌物的範圍。顺利获得涉及 63 名 PA 患者和 11 名健康志願者的蛋白質印跡分析驗證了結果。韦德国际在 PA uEV 中總共鑑定了 1940 種蛋白質。與現有數據庫的比較分析縮小了 PA uEVs 中富集的途徑，這些途徑與糖尿病併發症、Rac1 信號傳導和醛固酮調節的鈉重吸收有關。仔細觀察已鑑定的蛋白質發現在蛋白水解酶切位點附近有 ENaCγ（上皮 Na+ 通道 γ）肽，而蛋白質印跡分析證實了裂解 ENaCγ 的主要存在，它是腎小管中醛固酮信號傳導的標誌。在 PA uEVs 中，與健康志願者相比，裂解 ENaCγ 增加了 4.8 倍，並且與醛固酮與腎素的比率、醛固酮水平和 K+ 的分數排泄顯着相關。PA 中的靶向治療降低了裂解 ENaCγ 的豐度，表明 MR 在其誘導中起因果作用。本研究给予了 PA uEV 中所含蛋白質的列表，並表明 uEV 中的 ENaCγ 是腎臟 MR 信號傳導的有希望的生物標誌物。
12.Nucleic Acid Amplification Circuit-Based Hydrogel (NACH) Assay for One-Step Detection of Metastatic Gastric Cancer-Derived Exosomal miRNA. 基於核酸擴增電路的水凝膠（NACH）檢測法一步檢測轉移性胃癌衍生的外泌體 miRNA。[Adv Sci (Weinh)] PMID: 39308180摘要：胃癌 (GC) 被公認為全球第五大惡性腫瘤。其臨床症狀、治療反應和預後各異。在 GC 預後中，上皮間質轉化 (EMT) 的促進促進癌細胞侵襲和轉移，從而引發腫瘤細胞的播散。本研究提出了一種基於核酸擴增電路的水凝膠 (NACH) 檢測方法，用於識別來自轉移性 GC 的外泌體 miRNA。NACH 檢測採用滾環擴增方法，靶向腫瘤相關致癌基因 miRNA-21 和促進 EMT 的miRNA-99a。每個靶標的特定擴增探針都固定在水凝膠中，從而實現簡化的一步擴增反應。NACH 檢測對 miRNA-21 和 miRNA-99a 的檢測限為 1 fm，從而實現快速、高靈敏度的現場檢測。使用從細胞培養基、小鼠血漿和人血漿中提取的外泌體 miRNA 進行性能評估，結果顯示熒光強度模式與 qRT-PCR 取得的模式相似。此外，部署定製的便攜式熒光計進行 NACH 檢測，可使用 GC 患者的臨床樣本進行診斷性能評估和即時檢測。這些發現強調了 NACH 檢測作為基於外泌體檢測的 GC 基因診斷的有力工具的潛力。
13.A Dopamine-Modified Hyaluronic Acid-Based Mucus Carrying Phytoestrogen and Urinary Exosome for Thin Endometrium Repair. 一種多巴胺修飾的透明質酸基粘液，攜帶植物雌激素和尿液外泌體，用於修復薄子宮內膜。[Adv Mater] PMID: 39115352摘要：子宮內膜薄與不孕症在生殖醫學中密切相關，雌激素治療效果不理想。本研究構建了一種基於多巴胺 (L-DOPA) 修飾透明質酸結合植物雌激素卡加寧芪酸和大鼠尿液外泌體 (CUEHD)的人工粘液，用於使用大鼠 TE 模型進行 TE 治療。在大鼠 TE 模型中，CUEHD 的主要彈性行為和粘附特性保證了足夠的保留，從而具有卓越的協同治療效果和良好的生物安全特性。CUEHD 治療可顯著增加子宮內膜厚度並促進接受性和生育能力。從機制上講，雌激素穩態、炎症抑制和子宮內膜再生是顺利获得 ER-NLRP3-IL1β 和 Wnt-β catenin-TGFβ-smad 信號通路之間的串擾實現的。此外，還展示了來自人尿液和脂肪組織來源的幹細胞 (ADSC) 以及大鼠 ADSC 的外泌體的治療潛力，表明人工粘液系統有廣泛的用途。因此，這項研究展示了一個結合植物雌激素和外泌體的平台，對 TE 治療具有良好的意義。
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